Package org.jmol.util

Class MolWriter

  • public class MolWriter
extends java.lang.Object

    • Field Summary

      Fields 
      Modifier and Type Field Description
      private int[] connections  
      private javajs.util.P3 ptTemp  
      private javajs.util.T3 vNorm  
      private javajs.util.T3 vTemp  
      private Viewer vwr  

    • Constructor Summary

      Constructors 
      Constructor Description
      MolWriter()  

    • Method Summary

      All Methods Instance Methods Concrete Methods 
      Modifier and Type Method Description
      boolean addMolFile​(int iModel, javajs.util.SB mol, javajs.util.BS bsAtoms, javajs.util.BS bsBonds, boolean asV3000, boolean asJSON, boolean noAromatic, javajs.util.Quat q)  
      private java.lang.String getAtomParity​(Atom a)  
      private java.lang.String getAtomPropertyAsString​(Atom a, int tok)  
      private void getAtomRecordMOL​(int iModel, ModelSet ms, javajs.util.SB mol, int n, Atom a, javajs.util.Quat q, javajs.util.P3 pTemp, boolean asV3000, boolean asJSON, javajs.util.SB atomValues, int tokValue, boolean asSDF)  
      private void getBondRecordMOL​(javajs.util.SB mol, int n, Bond b, int[] atomMap, boolean asV3000, boolean asJSON, boolean noAromatic)  
      private void output80CharWrap​(javajs.util.SB mol, java.lang.String data, int maxN)  
      private void outputLines​(javajs.util.SB mol, java.lang.String data, int maxN)  
      MolWriter setViewer​(Viewer vwr)  

      • Methods inherited from class java.lang.Object

        clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

    • Field Detail

      • ptTemp

        private javajs.util.P3 ptTemp

      • vNorm

        private javajs.util.T3 vNorm

      • vTemp

        private javajs.util.T3 vTemp

      • connections

        private int[] connections

    • Constructor Detail

      • MolWriter

        public MolWriter()

    • Method Detail

      • addMolFile

        public boolean addMolFile​(int iModel,
                          javajs.util.SB mol,
                          javajs.util.BS bsAtoms,
                          javajs.util.BS bsBonds,
                          boolean asV3000,
                          boolean asJSON,
                          boolean noAromatic,
                          javajs.util.Quat q)

      • getAtomRecordMOL

        private void getAtomRecordMOL​(int iModel,
                              ModelSet ms,
                              javajs.util.SB mol,
                              int n,
                              Atom a,
                              javajs.util.Quat q,
                              javajs.util.P3 pTemp,
                              boolean asV3000,
                              boolean asJSON,
                              javajs.util.SB atomValues,
                              int tokValue,
                              boolean asSDF)

      • getAtomParity

        private java.lang.String getAtomParity​(Atom a)

      • getAtomPropertyAsString

        private java.lang.String getAtomPropertyAsString​(Atom a,
                                                 int tok)

      • getBondRecordMOL

        private void getBondRecordMOL​(javajs.util.SB mol,
                              int n,
                              Bond b,
                              int[] atomMap,
                              boolean asV3000,
                              boolean asJSON,
                              boolean noAromatic)

      • output80CharWrap

        private void output80CharWrap​(javajs.util.SB mol,
                              java.lang.String data,
                              int maxN)
        Parameters:
        mol -
        data -
        maxN - 80 for multi-line wrap; something smaller for single line output

      • outputLines

        private void outputLines​(javajs.util.SB mol,
                         java.lang.String data,
                         int maxN)