Method Detail

• areEqual

  int areEqual​(java.lang.String smiles1,
               java.lang.String smiles2)
        throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• find

  int[][] find​(java.lang.String pattern,
               java.lang.String smiles,
               int flags)
        throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• getLastException

  java.lang.String getLastException()

• getMolecularFormula

  java.lang.String getMolecularFormula​(java.lang.String pattern,
                                       boolean isSearch)
                                throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• getRelationship

  java.lang.String getRelationship​(java.lang.String smiles1,
                                   java.lang.String smiles2)
                            throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• reverseChirality

  java.lang.String reverseChirality​(java.lang.String smiles)
                             throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• polyhedronToSmiles

  java.lang.String polyhedronToSmiles​(Node center,
                                      int[][] faces,
                                      int atomCount,
                                      javajs.util.P3[] points,
                                      int flags,
                                      java.lang.String details)
                               throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• getSubstructureSet

  javajs.util.BS getSubstructureSet​(java.lang.String pattern,
                                    Node[] atoms,
                                    int ac,
                                    javajs.util.BS bsSelected,
                                    int flags)
                             throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• getSubstructureSetArray

  javajs.util.BS[] getSubstructureSetArray​(java.lang.String pattern,
                                           Node[] atoms,
                                           int ac,
                                           javajs.util.BS bsSelected,
                                           javajs.util.BS bsAromatic,
                                           int flags)
                                    throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• getCorrelationMaps

  int[][] getCorrelationMaps​(java.lang.String pattern,
                             Node[] atoms,
                             int ac,
                             javajs.util.BS bsSelected,
                             int flags)
                      throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• getMMFF94AtomTypes

  void getMMFF94AtomTypes​(java.lang.String[] smarts,
                          Node[] atoms,
                          int ac,
                          javajs.util.BS bsSelected,
                          javajs.util.Lst<javajs.util.BS> bitSets,
                          javajs.util.Lst<javajs.util.BS>[] vRings)
                   throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• getSmiles

  java.lang.String getSmiles​(Node[] atoms,
                             int ac,
                             javajs.util.BS bsSelected,
                             java.lang.String bioComment,
                             int flags)
                      throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• cleanSmiles

  java.lang.String cleanSmiles​(java.lang.String smiles)

• getMapForJME

  int[][] getMapForJME​(java.lang.String jme,
                       Atom[] at,
                       javajs.util.BS bsAtoms)

• getAtoms

  Node[] getAtoms​(java.lang.String target)
           throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception